Standar Pelayanan adalah tolok ukur yang digunakan sebagai pedoman dalam pelaksanaan pelayanan di Loka Kekarantinaan Kesehatan Labuan Bajo. Standar ini mencakup persyaratan, alur, waktu penyelesaian, biaya, hingga sarana pengaduan. Dengan adanya standar pelayanan, masyarakat dapat mengetahui hak dan kewajibannya serta memastikan layanan diberikan secara terbuka, cepat, dan berkualitas.