Strategi organisasi ditentukan melalui “SWOT” dengan melihat kondisi lingkungan internal maupun eksternal. Dari berbagai kelemahan, kekuatan, ancaman dan peluang ditetapkan berbagai strategi Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas IV Labuan Bajo, yaitu :
- Meningkatkan kapasitas inti sumber daya manusia Kantor Kesehatan Pelabuhan untuk dapat melaksanakan tuntutan kesepakatan global dan nasional
- Memperkuat koordinasi dan kerjasama antar petugas di Pelabuhan serta penggunaan tekhnologi informasi yang memadai
- Mengembangkan tim khusus pada semua wilayah kerja di Pelabuhan
- Mengembangkan sistem informasi kesehatan pelabuhan sebagai alat komunikasi dan sumber informasi di Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas IV Labuan Bajo
- Meningkatkan anggaran untuk pengendalian vektor dan lingkungan di Pelabuhan
- Mengembangkan SDM yang handal dalam mendeteksi penyakit, perlindungan diri terhadap sumber penularan dan penanganan kasus KLB
- Mengembangkan tekhnologi untuk mendeteksi penyakit sedini mungkin
- Menambah SDM yang berkualitas untuk memenuhi kebutuhan wilayah kerja
- Menambah peralatan kesehatan dalam melaksanakan berbagai pengukuran faktor resiko penyakit dan lingkungan/vektor
- Meningkatkan koordinasi dengan lintas sektor secara terprogram dan rutin
- Meningkatkan penelitian di pelabuhan untuk menilai faktor resiko, potensi lingkungan dan masalah kesehatan lainnya.
- Meningkatkan kesiapsiagaan dalam penanggulangan PHEIC di pintu masuk Negara dan deteksi dini.
- Meningkatkan kemampuan surveilans dan penanggulangan penyakit
- Melakukan koordinasi, kerjasama dan promosi kesehatan dalam pengendalian vektor dan masalah lingkungan di pelabuhan