Berdasarkan Permenkes Nomor 33 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tatakerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, tugas pokok dan fungsi KKP adalah KKP mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara.
Dalam melaksanakan tugas tersebut KKP Kelas IV Labuan Bajo menyelenggarakan fungsi :
- Penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;
- Pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
- Pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
- Pelaksanaan respon terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
- Pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;
- Pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;
- Pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;
- Pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;
- Pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;
- Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan
- Pelaksanaan urusan administrasi KKP